3 września 1999 r. Sejm Rzeczypospolitej Polskiej uchwalił Ustawę powołującą Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie.
Nowy Uniwersytet, który oficjalnie rozpoczął swe istnienie 1 października tego samego roku, powstał na bazie Akademii Teologii Katolickiej. Początkowo posiadał sześć wydziałów: Teologiczny, Prawa Kanonicznego, Filozofii Chrześcijańskiej, Nauk Historycznych i Społecznych, Nauk Humanistycznych oraz Prawa.
Na mocy Ustawy pozostał uczelnią państwową pod nadzorem ministra do spraw szkolnictwa wyższego. Trzy wydziały kościelne posiadają ponadto nadzór Wielkiego Kanclerza, którym jest każdorazowy arcybiskup warszawski.
Uniwersytet w początkowej fazie funkcjonowania kształcił i prowadził badania naukowe w zakresie nauk humanistycznych, społecznych i teologicznych.
W związku z Jubileuszem rok akademicki 2019/2020 upłynie pod znakiem wielu rocznicowych wydarzeń i spotkań. Pierwsze z nich – uroczysta inauguracja odbędzie się już 14 października.